Al momento de erigir la Universidad el rey, encomendó al virrey y a la Encomienda, proveer de todo lo necesario para la organización y puesta en marcha de la nueva institución.
El rey como patrono universal de la iglesia americana, podía haber puesto su universidad novohispana al cuidado de su arzobispo, pero en 1551 no existía aún una iglesia consolidada en Nueva España, pues las órdenes religiosas estaban volcadas a la evangelización de los naturales, mientras que los obispos tenían escaso poder y riqueza.
Es de presumir que en el primer año de la universidad rigieran las constituciones hechas por la Real Audiencia y el virrey, pues en el claustro de 30 de enero de 1554 se determina de manera explícita “que se guiasen por los estatutos de
Salamanca”.
Apenas abierta la Universidad, en junio de 1553, los doctores del claustro y la Audiencia, dictaron los primeros estatutos de la institución. En 1554, al arribo del arzobispo Montúfar comenzaron los conflictos. En la práctica, las normas de Salamanca dieron en todo tiempo el marco normativo de orden más general. Se trataba de normas no siempre aplicables par México, el carácter real de la institución, la hacía incompatible con la salmantina mucho más autónoma.
Al hallarse en manos de la Audiencia el control del claustro, los mecanismos para designar a los catedráticos y para acceder a los grados mayores, la Universidad no podía estabilizarse a modo de una institución con sus propios mecanismos de funcionamiento.
Pocos años después, Felipe II ordena nueva visita a la universidad para saber cómo marcha en cuanto a cátedras y rentas y si se observa lo mandado, en su insistencia constante para que se guarden los estatutos. La encomienda del arzobispo de México, don Pedro Moya de Contreras, antiguo escolar salmantino, por real cédula del 22 de mayo de 1583. Los nuevos estatutos, frutos de la visita, basados en la legislación anterior, fueron notificados en claustro 3 años después.
La bula de confirmación de la Universidad fue concedida por Clemente VII el 7 de octubre de 1595, si bien hay noticias de otra bula confirmatoria anterior.
Las dos visitas reformadoras más importantes del siglo XVII, son: la del virrey marqués de Cerralvo, realizada en 1626, logró también la elaboración de nuevos estatutos. La comisión los presentó y puso en vigor el 25 de octubre de 1626. Son más amplios que los de Farfán, los salmantinos y los del obispo Moya, intentos previos y fundamento para estos nuevos estatutos.
Pero la visita más importante del periodo y una de las de mayor trascendencia dentro de la etapa antigua de la historia universitaria fue la del obispo don Juan de Palafox y Mendoza. En carta reservada al rey le informa de los principales fallos de la universidad, que achaca de un modo especial a la multiplicidad de estatutos y a la inobeservancia y dispensa de los mismos, principalmente por parte de los virreyes.
Palafox se dio a la tarea, tantas veces intentada por el claustro, de recopilar los estatutos más convenientes, junto con las adiciones necesarias, en un cuerpo unitario y definido, basado en el modelo salmantino y en la experiencia centenaria de la mexicana.
El rey confirmó las constituciones y mandó que se observaran con las modificaciones del consejo. En el pleno del 14 de octubre de 1645, fueron aprobadas por mayoría de votos.
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